Alors que Dirk Pitt et son épouse font de la plongée au large des côtes chiliennes, profitant de vacances bien méritées, ils voient surgir un cargo dont les moteurs tournent à plein régime. Après avoir percuté leur embarcation, il fonce droit sur un paquebot de croisière. L'intrépide directeur de la NUMA, qui vient d'échapper à la mort, se lance à sa poursuite et parvient à le stopper. Il s'aperçoit avec effroi qu'il n'y a personne à la barre : seulement un cadavre aux mains étrangement noircies.
A quelques kilomètres de là est retrouvé le corps d'un physicien dont les travaux sur un sous-marin ultra rapide, classés top-secrets, menaceraient la sécurité des Etats-Unis s'ils tombaient entre de mauvaises mains...
Ces deux événements semblent les mener à la mystérieuse disparition, en 1943, d'un sous-marin italien.
Dirk et Summer Pitt, accompagnés de Ann, séduisante agent du NCIS, partent sur les traces du précieux prototype. Ils ne se doutent pas que leurs découvertes dépasseront de loin tout ce qu'ils avaient pu imaginer...